ความเป็นมา
ด้วยการประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๒๔ กรกฎาคม ๒๕๕๕ เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกาเสนอให้มีการจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตเป็นส่วนราชการภายในกรม ตามมาตรา ๓๑ วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. ๒๕๓๔ และที่แก้ไขเพิ่มเติม ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2556 จึงได้มีการจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตขึ้นภายในสำนักงบประมาณ อันสอดสอดคล้องกับแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบราชการไทย (พ.ศ. 2556 - พ.ศ.2561) ในการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์และมาตรการในการต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชั่น ประกอบกับคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 69/2557 ลงวันที่ 18 มิถุนายน 2557 เรื่อง มาตรการป้องกันและแก้ไขปัญหาการทุจริตประพฤติมิชอบ ซึ่งกำหนด ให้ทุกส่วนราชการดำเนินงานให้เป็นไปตามบทบัญญัติแห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. 2542 อย่างเคร่งครัด