สำนักงบประมาณมีการกำหนดมาตรการ กลไก หรือการวางระบบในการจัดการเรื่องร้องเรียนของหน่วยงาน ดังนี้

1. ด้านจริยธรรม                  

           1.1  จัดทำประกาศสำนักงบประมาณ เรื่อง แนวทางการร้องเรียน การรับเรื่องร้องเรียน และวิธีพิจารณาเรื่องร้องเรียน เกี่ยวกับประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือนของสำนักงบประมาณ  ลงนามโดยผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ

           1.2  จัดทำประกาศคณะกรรมการจริยธรรมประจำสำนักงบประมาณ เรื่อง มาตรการคุ้มครองผู้ร้องเรียน ผู้ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ และผู้ปฏิบัติงานกลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรมสำนักงบประมาณ  ลงนามโดยผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ

           1.3 ช่องทางการร้องเรียน  ได้แก่  (1). ตู้ ปณ. 9  (2). กล่องร้องเรียน ชั้น 1 อาคาร 4 และ 5/1 สำนักงบประมาณ (3). เว็บไซต์ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต   เว็บไซต์กลุ่มงานคุ้มครองจริยธรรม  (4) หรือส่ง จดหมายถึง คณะกรรมการจริยธรรมประจำสำนักงบประมาณ  สำนักงบประมาณ  ถนนพระรามที่ 6 แขวงพญาไท เขตพญาไท  กรุงเทพมหานคร 10400   

           1.4  การจัดการเรื่องร้องเรียนเป็นไปตามคู่มือการปฏิบัติงานการคุ้มครองจริยธรรม  ซึ่งจะกำหนดผังกระบวนการขั้นตอนการจัดการเรื่องร้องเรียนและแนวทางการดำเนินงานไว้อย่างเป็นระบบ  โดยสามารถดูคู่มือฯ ดังกล่าวได้ที่ลิงค์ http://www.bb.go.th/anticrt/topic-detail.php?id=7689&mid=663&catID=0

2. ด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริต 

           2.1 ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต สำนักงบประมาณ (ศปท. สงป.) ได้เผยแพร่ช่องทางในการร้องทุกข์ ร้องเรียน ให้หน่วยงานและประชาชนทั่วไป สามารถแจ้งร้องทุกข์ ร้องเรียน ปัญหาการทุจริต  ไว้ที่เว็บไซต์ของศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต  http://www.bb.go.th/anticrt/topic-detail.php?id=3133&mid=92 ได้แก่  (1). ตู้ ปณ. 9  2). กล่องร้องเรียน ชั้น 1 อาคาร 5 สำนักงบประมาณ (3). เว็บไซต์ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต   เว็บไซต์กลุ่มงานป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ  (4). e-mail : anticorrupt.b@bb.go.th หรือส่งจดหมายถึง หัวหน้าศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต สำนักงบประมาณ ถนนพระรามที่ 6 แขวงพญาไท เขตพญาไท กรุงเทพมหานคร 10400         

            2.2 การจัดการเรื่องร้องเรียนเป็นไปอย่างเป็นระบบ โดยมีผังกระบวนการขั้นตอนการจัดการ  และคู่มือการปฏิบัติงานการจัดการเรื่องร้องเรียนร้องทุกข์

            2.3 ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตต้องดำเนินการจัดทำสรุปและรายงานผลการดำเนินงานเกี่ยวกับการจัดการเรื่องร้องเรียนของสำนักงบประมาณ

                 2.3.1  รายงานทุกวันที่ 10 ของทุกเดือน  ผ่านระบบงานของสำนักงาน ป.ป.ท.

                 2.3.2  รายงานสรุปผลการดำเนินการประจำปีเสนอต่อหัวหน้าศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต สำนักงบประมาณ และผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ